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DuckDB 的 Python 客户端如果需要,可以直接在 Jupyter Notebook 中使用,无需额外配置。然而,可以使用额外的库来简化 SQL 查询开发。本指南将介绍如何利用这些额外的库。有关如何将 DuckDB 和 Python 结合使用的信息,请参阅 Python 部分的其他指南。
在此示例中,我们使用 JupySQL 包。此示例工作流也可以通过 Google Colab notebook 获取。
库安装
四个额外的库可以改善 Jupyter Notebooks 中的 DuckDB 使用体验。
- jupysql: 将 Jupyter 代码单元格转换为 SQL 单元格
- Pandas: 清晰的表格可视化以及与其他分析的兼容性
- matplotlib: 使用 Python 绘图
- duckdb-engine (DuckDB SQLAlchemy 驱动): 由 SQLAlchemy 用于连接 DuckDB(可选)
如果 Jupyter Notebook 尚未安装,请从命令行运行这些 pip install
命令。否则,请参阅上面的 Google Colab 链接以获取 Notebook 内的示例。
pip install duckdb
安装 Jupyter Notebook
pip install notebook
或 JupyterLab
pip install jupyterlab
安装支持库
pip install jupysql pandas matplotlib duckdb-engine
库导入和配置
打开 Jupyter Notebook 并导入相关库。
在 jupysql 上设置配置,以便直接将数据输出到 Pandas 并简化打印到 Notebook 的输出。
%config SqlMagic.autopandas = True
%config SqlMagic.feedback = False
%config SqlMagic.displaycon = False
原生连接到 DuckDB
要连接到 DuckDB,请运行
import duckdb
import pandas as pd
%load_ext sql
conn = duckdb.connect()
%sql conn --alias duckdb
警告:原生 DuckDB 连接中不识别 变量。
通过 SQLAlchemy 连接到 DuckDB
或者,您可以使用 duckdb_engine
通过 SQLAlchemy 连接到 DuckDB。请参阅性能和功能差异。
import duckdb
import pandas as pd
# No need to import duckdb_engine
# jupysql will auto-detect the driver needed based on the connection string!
# Import jupysql Jupyter extension to create SQL cells
%load_ext sql
可以连接到新的内存中的 DuckDB、默认连接或文件支持的数据库。
%sql duckdb:///:memory:
%sql duckdb:///:default:
%sql duckdb:///path/to/file.db
如果将
duckdb:///:default:
作为 SQLAlchemy 连接字符串提供,则%sql
命令和duckdb.sql
共享相同的默认连接。
查询 DuckDB
单行 SQL 查询可以在行首使用 %sql
运行。查询结果将显示为 Pandas DataFrame。
%sql SELECT 'Off and flying!' AS a_duckdb_column;
通过在单元格开头放置 %%sql
,整个 Jupyter 单元格可以用作 SQL 单元格。查询结果将显示为 Pandas DataFrame。
%%sql
SELECT
schema_name,
function_name
FROM duckdb_functions()
ORDER BY ALL DESC
LIMIT 5;
要将查询结果存储在 Python 变量中,请使用 <<
作为赋值运算符。这可以与 %sql
和 %%sql
Jupyter magic 命令一起使用。
%sql res << SELECT 'Off and flying!' AS a_duckdb_column;
如果设置了 %config SqlMagic.autopandas = True
选项,则该变量是一个 Pandas 数据框;否则,它是一个 ResultSet
,可以通过 DataFrame()
函数转换为 Pandas。
查询 Pandas DataFrames
DuckDB 能够找到并查询 Jupyter Notebook 中以变量形式存储的任何数据框。
input_df = pd.DataFrame.from_dict({"i": [1, 2, 3],
"j": ["one", "two", "three"]})
被查询的数据框可以在 FROM
子句中像其他任何表一样指定。
%sql output_df << SELECT sum(i) AS total_i FROM input_df;
警告:当使用 SQLAlchemy 连接且 DuckDB 版本 >= 1.1.0 时,请确保运行
%sql SET python_scan_all_frames=true
,以使 Pandas 数据框可查询。
可视化 DuckDB 数据
在 Python 中绘制数据集最常见的方法是使用 Pandas 加载它们,然后使用 matplotlib 或 seaborn 进行绘图。这种方法需要将所有数据加载到内存中,效率极低。JupySQL 中的绘图模块在 SQL 引擎中运行计算。这将内存管理委托给引擎,并确保中间计算不会持续占用内存,从而高效地绘制大量数据集。
箱线图和直方图
要创建箱线图,请调用 %sqlplot boxplot
,并传递表名和要绘制的列名。在此示例中,表名是本地存储的 Parquet 文件的路径。
from urllib.request import urlretrieve
_ = urlretrieve(
"https://d37ci6vzurychx.cloudfront.net/trip-data/yellow_tripdata_2021-01.parquet",
"yellow_tripdata_2021-01.parquet",
)
%sqlplot boxplot --table yellow_tripdata_2021-01.parquet --column trip_distance
安装并加载 DuckDB httpfs 扩展
DuckDB 的 httpfs 扩展允许通过 http 远程查询 Parquet 和 CSV 文件。这些示例查询包含纽约市历史出租车数据的 Parquet 文件。使用 Parquet 格式允许 DuckDB 只将所需的行和列拉入内存,而不是下载整个文件。DuckDB 也可以用于处理本地 Parquet 文件,如果查询整个 Parquet 文件或运行需要文件大子集的多个查询,这可能是可取的。
%%sql
INSTALL httpfs;
LOAD httpfs;
现在,创建一个按第 90 百分位数过滤的查询。请注意 --save
和 --no-execute
函数的使用。这会告诉 JupySQL 存储查询,但跳过执行。它将在下一个绘图调用中被引用。
%%sql --save short_trips --no-execute
SELECT *
FROM 'https://d37ci6vzurychx.cloudfront.net/trip-data/yellow_tripdata_2021-01.parquet'
WHERE trip_distance < 6.3
要创建直方图,请调用 %sqlplot histogram
并传递表名、要绘制的列名和 bin 数量。这使用了 --with short-trips
,因此 JupySQL 使用之前定义的查询,从而只绘制数据的子集。
%sqlplot histogram --table short_trips --column trip_distance --bins 10 --with short_trips
总结
现在,您能够以简单且高性能的方式在 SQL 和 Pandas 之间切换!您可以直接通过引擎绘制大量数据集(避免下载整个文件和将其全部加载到 Pandas 内存中)。数据框可以在 SQL 中作为表读取,SQL 结果可以输出到 DataFrames。祝您分析愉快!
jupysql
的替代方案是 magic_duckdb
。